据报道，国民党历来“总统”与党主席都是同一人，这次取回执政权，马英九与吴伯雄分任“总统”与党主席，党政竞合成为亟待解决的难题。党务高层认为，短期内不可能出现“以党领政”或“以政领党”，比较可能朝向“党政同步”的模式。

据透露，党中央希望扮演行政与立法部门间的“协调单位”，其次则是扮演从政同志的“监督单位”。党内高层建议，由于中常会已不符“执政”的需求，在中常会改组前，“府”“院”党应创建沟通平台，例如政务官以行席中常会方式，以扩大决策机制。

吴表示，马英九可以适度与党机器切割，“不必完全跟国民党搞在一起，但是也不要完全脱钩”，维持“全民领导人”的高度。有关未来党主席的角色，吴认为“总统”、党主席不同人，“对马帮助很大”，强调未来包含推动“国会”改革，“就由我来扮黑脸吧！”

不过，由于党政沟通平台涉及双边竞合，吴伯雄态度分谨慎，认为党中央实际扮演的角色，包含中常会组成是否应调整，仍应充分尊重马英九的意见，未来是否有党务主管入“阁”，他也乐观其成。

据指出，尽管吴伯雄选前曾宣示“大选”后将请辞党主席，但在马英九坚持下，吴同意续任党主席，吴最少做到明年八月任期届满。

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